...На прощание,в академический праздник,Марков напутствовал офицерскую молодёжь: "...Хотя я здесь призван уверять Вас,что ваше счастье за письменным столом,в науке,но я не могу,это выше моих сил; нет,ваше счастье в подвиге, в военной доблести, на спине прекрасной лошади.Идите туда, на фронт, и ловите ваше счастье". Восторженная молодёжь подняла на руки своего преподавателя.
С началом революции генерал Марков принял(с февраля 1917 года) должность 2-го генерал-квартирмейстера при Ставке.(Его бывший начальник "железной" дивизии генерал А.И.Деникин стал начальником штаба Верховного главнокомандующего). Генерал Марков,лояльно служа Временному правительству,говорил,спорил,ругался,"ублажал",как он выражался,"полуграмотных в военном деле чинов комитета" и "несведущих,фантазирующих,претендующих на особую роль комиссаров". Но очень быстро,теряя терпение,выходя из себя,понял,что армию они погубили.Кроме того,служба в Ставке была не по нутру Маркову с его бодрым,энергичным характером."Не по мне эта штабная служба.Святое дело строй,но где же он?-говорил Сергей Леонидович в это время.-...Кажется,снял бы свои генеральские погоны и бросил бы в лицо этим негодяям,погубившим русскую армию...Но надо подождать".
Ждать ему пришлось до ноября 1917 года.Ещё суждено было ему занять должность начальника штаба Главнокомандующего армиями Западного фронта генерала Деникина(с мая 1917 года),затем,с переходом Деникина к командованию армиями Юго-Западного фронта-начальник штаба Юго-Западного фронта(с августа 1917 года),уже в звании генерал-лейтенанта.Вместе с генералами Деникиным и И.Г.Эрдели за поддержку Корниловского выступления (из пяти главнокомандующих фронтами только Деникин выразил солидарность с Корниловым,послав резкую телеграмму Временному правительству) Марков также был смещён с должности и после ареста переведён из Бердичева(где находилась Ставка армии) в Старый Быхов Могилёвской губернии. Путь генералов бывшей русской армии по Бердичеву с Лысой горы до вокзала 26 сентября 1917 года был ужасен. Разнузданная озверевшая солдатская толпа первзошла саму себя в гнусностях и издевательствах над своими славными командирами,так что прибыли они в Быхов забросанные грязью,некоторые с кровоподтёками. "Марков!Голову выше!Шагай бодрее!",-кричали товарищи.Но Марков не терял присутствия духа-он,не переставая,резко отвечал на брань и окрики солдат.От самосуда генералов спасла только охрана из юнкеров.
В Быховском заключении узников охранял Текинский полк; верные соратники генерала Корнилова помогли бежать генералам.Утром 19 ноября, освобожденные по распоряжению начальника штаба Ставки генерала Духонина, генералы Деникин, Лукомский, Романовский и Марков отбыли на Юг (ночью генерал Корнилов). "Быховские пленники" ехали на Дон по одному или по два, в костюмах солдат, рабочих.Марков искусно играл роль денщика "прапорщика" генерала И.П. Романовского.
В Добровольческой армии генерал Марков развернулся во всю ширь своей натуры. Если поля сражений в японской и Первой мировой войнах принесли ему заслуженную боевую славу, то в 1-м Кубанском походе имя Маркова стало легендарным, рассказы о его безрассудной храбрости,блестящем исполнении военных задач любой сложности передавались из уст в уста.
Во время двухмесячного наступления большевиков на Ростов генерал Марков руководил Батайским фронтом, организовав оборону важнейшего подступа к городу с горстью храбрецов, среди которых выделялась Морская рота.
